戦いの最中に勇気と規律を維持するものは部隊の士気です。これは彼らがどの程度自らの能力に誇りと信念を持っているかの尺度でもあります。士気は訓練や経験、能力を向上させる将軍の存在により高まります。士気は味方の部隊が損害を受け、敵の兵力が大きくなれば下がります。部隊の軍旗で現在の士気の状態を判断することができます。
敵の大軍に直面したり、疲労が限度を越えたり、あまりにも多くの死傷者が発生した部隊や軍船は士気が崩壊し、敗走します。彼らは戦場からの逃亡のみを考え、命令を出すことができなくなります。将軍の影響範囲内に敗走している部隊がいればアビリティにより士気が回復し、彼らの敗走を止められる場合があります。それに成功すれば再び命令が下せるようになります。
将軍は戦闘において「再召集」のアビリティを使い、敗走しているあらゆる部隊の士気を回復して戦場に留めることができます。ただし状態が「潰滅」になっている部隊は例外で、彼らは再召集を常に無視します。カーソルを将軍の付近に置くと、影響を及ぼす範囲が円によって表示されます。
指揮官が戦闘中に死亡すると軍の士気が大きく下がります。部隊や軍船の士気は崩壊しやすくなり、またいったん崩壊すると指揮官がいないために再召集することができません。（敗走した部隊の状態は自動的に「潰滅」となります。）指揮官部隊を戦いに参加させることはできる限り避けるようにして下さい。