損耗とは戦闘以外の様々な要因により軍の兵士たちが少しずつ失われていく現象のことです。世界には過酷な気象の地域があり、そういった場所では耐性がない限り兵士がターン毎に減少します。また疫病や、海軍の場合は荒れている海域を航行した時などに同じような現象が起こります。
戦闘や損耗で兵員が減少した部隊には新兵の補充が必要となります。軍が友好的な領域にあり、強行軍を行っていないなら補充は自動的に行われますが、敵勢力の領域内や損耗が発生する区域にいる場合などは補充が行われません。補充の速度は統率者の能力や眷属によって向上することがあります。
戦闘で損傷を受けた軍船は修理する必要があります。自勢力の港に入港すると自動的に修理が開始され、また乗組員も補充されます。